Mozart a Varázsfuvolát halálának évében, 1791-ben komponálta, régi barátjának, Emanuel Schikanedernek Bécs külvárosában működő színháza, a Theaterauf der Wieden számára. A műfaját tekintve a Singspiel (prózai dialógusokkal tagolt német nyelvű vígopera) kategóriájába tartozó darab szövegírója maga a színigazgató Schikaneder volt, aki az ősbemutatón Papageno szerepét is eljátszotta. A mű nagy része júliusra már készen állt, ám ekkor a munkálatokat félbeszakította egy másik megrendelés: a zeneszerzőnek II. Lipót prágai megkoronázására  kellett megírnia a Titusz kegyelme című operát is, melyet szeptember 6-án mutattak be. A Varázsfuvola utolsóként papírra vetett két számát, a papok indulóját, illetve a nyitányt Mozart csak a szeptember 28-i bemutató előtt két nappal fejezte be.
Az opera zenéje és a nyitány ugyan konkrét tematikus megfelelésekkel nem kapcsolódik egymáshoz, ám a rövid lassú bevezetést indító három ünnepélyes akkord mintha rögtön Sarastro és papjai emelkedett világába vezetné be a hallgatót. (Ez a mottó-szerű három akkord formatagoló szerepben újra megjelenik majd a nyitány főrészében, a szonáta-expozíció végén is.) A lassú bevezetést követő gyors főrész kezdete hangról hangra megegyezik Muzio Clementi B-dúr zongoraszonátája (Op. 14 No. 6) 1. tételének témájával. Ez nem lehet véletlen, Mozart ugyanis biztosan hallotta ezt a szonátát az opera komponálása előtt tíz évvel, 1781. december 24-én, amikor II. József császár a két ünnepelt billentyűs játékos, Mozart és Clementi versenyeztetésével kívánta vendégeit, az orosz trónörököst és nejét szórakoztatni. Bár Mozart véleménye Clementi művészetéről meglehetősen lesújtó volt („krajcárnyi ízlés vagy érzés sincs a játékában”, „egy sarlatán, mint minden olasz”), a nagyhírű virtuóz által előadott saját kompozíció úgy látszik, mégis megmozgatta a fantáziáját: Clementi dallamát fúgatémává alakította, s erre a témára építette a Varázsfuvola-nyitány Allegro-szakaszának egészét. A szonátaforma expozíciója szabályos, négyszólamú fúgaként indul, s a főként mollhangnemeket érintő kidolgozási rész is erőteljesen kontrapunktikus szerkesztésű.